Silmien taittovirheleikkaus ei ole koskaan täysin riskitön. Joissakin tapauksissa on todettu leikkauksen jälkeisiä kompikaatioita tai sivuvaikutuksia. Seuraavassa lista mahdollisista ei-toivotuista haitoista:

• Jos korjattava taittovirhe on suuri, leikkauksessa saattaa piillä riski että silmälaseja tarvitaan operaation jälkeenkin. Osa klinikoista lupaa tarpeen vaatiessa maksuttoman uusintahoidon.
• Operaation jälkeen, ensimmäisten viikkojen aikana silmissä voi tuntua kuivuutta, roskan tunnetta tai väliaikaista näön heikkenemistä. Yleensä tämä poistuu silmätippojen avulla.
• Joissakin tapauksissa leikkauksen jälkeen silmässä tuntuu kipua, jota voi lievittää kipulääkkeillä. Kipu on harvinasta ja se häipyy yleensä viimeistään seuraavana päivänä.
• Kuten kaikissa leikkauksissa, myös taittovirheleikkauksessa silmään voi tulla haavatulehdus. Joskin se on erittän harvinaista. Operoitu silmä käsitellään aina antibioottitipoilla ja niiden käyttöä jatketaan ainakin kaksi viikkoa leikkauksen jälkeen.
• Jos sarveiskalvoa ohennetaan alle turvallisen rajan, voi silmään syntyä sarveiskalvon pullistuma (Ectasia), joka heikentää näön tarkkuutta. Ectasia on erittäin harvinaista ja johtuu suurimmaksi osaksi silmän ammattitaidottomasta operoinnista.